按照“高起点、小而精、研究型”的办学定位，西湖大学以博士生培养为起点，适时开展本科生教育。学校近期（五年）规划全日制在校生规模为1220人，长期（十年）规模为5000人。
学校坚持发展有限学科，以大学筹建依托主体——浙江西湖高等研究院的生物学、基础医学、理学、前沿技术四个研究所为基础，组建生命科学学院（含生物学和基础医学）、理学院、工学院，优先形成理学、医学、工学等三个门类12个一级学科，今后随着大学的发展，适时设立人文社科学院和相关学科。学校面向全球选聘具有较高学术造诣或学术潜力的领军人才和青年科学家，实行与国际化接轨的长聘准聘教研人员聘任体系。目前已完成六次全球招聘，拟聘任学术人才 58人。
学校将结合中国国情及优势，以国际化的办学理念，探索创新的办学体制机制，致力于高等教育和学术研究，培养复合型拔尖创新的研究生和具有坚实基础知识和创新能力的本科学生，着力培养以天下为己任、能够发挥领军作用的高端人才。在取得博士学位授予权之前，学校通过与复旦大学、浙江大学联合招收与培养方式开展博士生培养。目前，首批博士研究生已于2017年9月入学，2018级博士研究生招生工作已启动。
学校实行董事会领导下的校长负责制，设立监事会、顾问委员会、校务委员会、学术委员会和学位委员会等，形成教师治学、民主管理、社会参与的大学治理体系。同时，根据相关法律法规，同步设立中国共产党西湖大学委员会，充分发挥党组织在学校办学治校中的政治核心作用。学校办学经费来源主要为举办者出资、办学收入、竞争性科研项目经费及人才政策支持经费和政府扶持资金等渠道，日常运行经费主要由杭州市西湖教育基金会承担。西湖大学的正式设立，是创新办学体制机制、推动高等教育内涵发展的新举措，是优化浙江高等教育结构，实施高等教育强省战略的关键性举措，对探索调动社会力量办学积极性，集聚一流学术人才，建设中国特色、世界一流大学都具有非常重要的意义。